Il convento di Agnone dei Frati Minori Cappuccini fu fondato nel 1603 dal p.Bernardino da Asti a spese dei cittadini e con l'intervento della principessa Stigliano, padrona di Agnone.
La chiesa consacrata il 5 agosto 1623, fu dedicata a S.Maria di Costantinopoli, raffigurata su un quadro miracoloso di fine 1500 che è quello tuttora venerato, era ad una navata con cinque altari e sulla parete ove poggiava l'altare maggiore vi erano sette quadri di pregio e lungo le pareti laterali sei ritratti in affresco. Nel 1925 con il convento quasi distrutto, venne abbattuta anche la chiesetta adiacente per costruire una piazza più grande e posizionarvi il monumento ai caduti. Ma un'altra chiesa con lo stesso nome sorse nella parte opposta della piazza per la generosità di due banche locali:”
Il 25 luglio 1986, alle 16.00 si benedice e si pone la prima pietra della nuova ed attuale chiesa .
Il Ministro Provinciale di Foggia, P.Mariano Di Vito, nel 1995 affida all'arch. Cristofaro Giusti l'incarico dell'arredo architettonico al fine di dare a questo grande spazio la sensazione e l'atmosfera di un ambiente sacro secondo la spiritualità francescana. Le scelte operate dal tecnico, l'attenta selezione dei colori, la raffinatezza dei materiali, gli appropriati disegni per gli elementi più importanti presenti (ingresso interno-esterno, pavimento della chiesa, presbiterio, altare, ambone, sede presidenziale, crocifisso centrale, cappella feriale, rivestimenti murali, illuminazione attraverso le vetrate policrome, ferro battuto etc.) confermano il positivo risultato finale. La chiesa è stata inaugurata con una solenne cerimonia il 18 ottobre 1997.
Dopo oltre mezzo secolo di Francescanesimo, nel Settembre 2007, i Frati Cappuccini della provincia monastica di Foggia hanno lasciato definitivamente Agnone per decisioni superiori. La struttura del convento è stata affidata alla Diocesi di Trivento e come Parroco è stato nominato Don Antonio Mascia